Setelah Sultan Pakunataningrat I wafat ia digantikan oleh puteranya yaitu Panembahan Natakusuma III. Tak lama kemudian Panembahan Natakusuma III sakit lumpuh dan yang menjadi kuasa dalam menjalankan pemerintahannya kemudian adalah puteranya yang bernama Pangeran Suryingrat (Pangeran Suring) berpangkat Kolonel.
Setelah Panembahan Natakusuma III sepuh, pemerintahan di Sumenep diambil alih oleh Residen Madura dan diperintahkan untuk memakai Lid Komisi. Sedangkan yang menjadi anggota Lid Komisi adalah :
1. Pangeran Aria Suryingrat.
2. Pangeran Aria Sutyaamijaya.
3. Pangeran Aria Suryaadiputra.
4. Pangeran Aria Mangkudiningrat.
5. Pangeran Aria Suryakusuma.
Komisi ini juga menyertakan seorang Administrateur Belanda bernama L’Andri yang memegang penghasilan negara Sumenep serta seorang kasir dari Belanda bernama Tuan Miyer.
Beberapa waktu kemudian Pangeran Aria Sutyingrat (Pangeran Suring) meninggal dunia. Dalam tahun 1873 Masehi seorang putera dari Panembahan Natakusuma III yang bernama Pangeran Aria Mangkudiningrat berpangkat Letnan Kolonel pada saat itu kebetulan sedang berperang ke Aceh. Setibanya dari Aceh ia lalu diangkat menjadi kuasa untuk menjalankan pemerintahan menggantikan Pangeran Aria Suryingrat.
Diceriterakan bahwa Panembahan Natakusuma III itu buta (tidak memahami) dalam hal nilai yang tertera dalam mata uang. Misalnya ada orang yang menawarkan sesuatu barang dengan harga tiga riyal = F.6,- lalu ia berkata begini : Itu terlalu mahal bagiku dan kalau boleh kubeli saja barang itu dengan harga sekampil = F.20,- Maka dari itu banyak para pedagang yang senang, terutama orang-orang Arab. Mereka sangat gemar menjual barang dagangannya kepada Panembahan ini untuk mendapatkan untung dan kekayaan yang banyak.
Kemudian pada masa Pangeran Aria Mungkudiningrat memegang kuasa Panembahan maka diberlakukan aturan untuk orang-orang Arab dilarang memasuki Keraton sebelum mendapat ijin terlebih dahulu darinya. Sebab pada kebiasaannya dahulu orang-orang Arab yang memiliki kedekatan hubungan dengan Panembahan kalau masuk Keraton selalu membawa barang dagangannya.
Setelah mereka bertemu Panembahan barang dagangan itu lalu ditawarkannya. Mereka memuji-muji barang yang ditawarkannya sebagai barang-barang yang mahal dan langka. Seperti misalnya mereka mengambil barang dengan harga F.10, lalu dikatakannya berharga F.300. Karena Panembahan tidak paham terhadap nilai uang maka kalau barang itu cocok dengan seleranya akan dibelinya sesuai dengan harga yang ditawarkan si pedagang.
Diceriterakan pula bahwa setelah lama Panembahan Natakusuma III memangku jabatan sebagai Panembahan kemudian ia diganjar pangkat Kolonel. Beberapa saat kemudian ia diberi lagi penghargaan berupa bintang jasa Ridder van den Nederlandse Leeuw. Tetapi sejak ia sakit lumpuh maka pakaian ke Kolonelannya tidak ia pakai.
Misalnya kalau ada tamu pembesar seperti Kolonel, Residen, atau menghadiri pesta, ia hanya memakai pakaian sehari-hari saja sedangkan pakaian kebesarannya ia letakkan diatas nampan (talam=Mad.) dan ditaruh disisinya. Pedangnya ia ikatkan ke pinggangnya. Keturunan laki-laki dari Panembahan Natakusuma III ini adalah :
1. Raden Aria Tirtanagara.
2. Raden Aria Prawiringrat.
3. Pangeran Aria Suryingrat (Pangeran Suring).
4. Pangeran Aria Mangkudiningrat (Pakunataningrat) Bupati Sumenep.
5. Raden Aria Sutyakusuma.
6. Raden Aria Pratalikusuma.
7. Raden Aria Gandakusuma.
8. Raden Aria Gandadiwirya.
9. Raden Aria Sasrawinata.
10. Raden Aria Tirtadiningrat.
11. Raden Aria Prawiradiningrat.
12. Raden Aria Mangkudiningrat.
13. Raden Ahmad.
14. Raden Aria Prawiranagara.
Putera perempuannya adalah :
1. Raden Ayu Aria Kusumanagara.
2. Raden Ayu Aria Candrakusuma.
3. Raden Ayu Jayengtilam.
4. Raden Ayu Aria Suryaningprang (Mayor).
5. Raden Ayu Tumenggung Aria Atmajanagara (di Pekalongan).
6. Raden Ayu Aria Mangkuadinagara.
7. Raden Ayu Aria Cakrakusuma (1).
8. Raden Ayu Cakrakusuma (2) [1 meninggal diganti dengan 2].
9. Raden Ayu Aria Pakunagara.
10. Raden Ayu Aria Kusumawerdaya.
11. Raden Aru Aria Natakusuma.
Sepeninggal Panembahan Natakusuma III yang menggantikan kedudukannya adalah Pangeran Aria Mangkudiningrat. Pada saat itu Raden Tumenggung Aria Mangkukusuma mampunyai kasus dan dipanggil ke Surabaya. Disana perkaranya diputuskan dan ia diberhentikan dari kedudukannya sebagai Patih. Untuk penggantinya diangkat Raden Aria Jayengrana.
Pada saat Pangeran Aria Mangkudiningrat mau diangkat sebagai Bupati Sumenep, Patih Raden Aria Jayengrana mengundurkan diri dan digantikan oleh Raden Panji Adikara dari Pamekasan. Raden Panji Adikara ini meninggal di Sumenep.
Setelah lima tahun lamanya Raden Aria Mangkudiningrat mewakili Panembahan maka ia lalu diangkat sebagai Bupati dengan gelar Pangeran. Tak lama kemudian namanya berobah menjadi Pangeran Aria Pakunataningrat II dengan pangkat Kolonel titular (Kolonel Tituleire) dalam Dinas Korps Komandan Barisan dan mendapatkan bintang Willems Orde.
Raden Adipati Paringgalaya meninggal pada 1784 tahun Jawa atau 1272 tahun Arab dan dikebumikan dalam cungkup yang terletak disebelah timur cungkup makam Kanjeng Kiai Adipati Suraadimanggala. Tugas-tugas selanjutnya digantikan oleh puteranya yaitu Raden Tumenggung Aria Mangkukusuma berpangkat Rijksbestuurder. Orang ini selanjunya terlibat perkara (kasus) sehingga menjadikan ia dipecat dari jabatannya. Setelah Raden Tumenggung Aria Mangkukusuma meninggal pada tahun 1885 Masehi dia dimakamkan dalam cungkup Raden Adipati Pringgalaya.
Panembahan Natakusuma III meninggal pada tanggal 4 bulan Jumadilakhir 1296 tahun Arab atau 1808 tahun Jawa, dikuburkan dalam cungkup Sultan tepat disebelah timurnya. Selanjutnya diceriterakan bahwa Residen Madura yaitu Tuan Krenor suatu hari mengadakan kunjungan ke Pangeran Aria Pakunataningrat II.
Dalam pembicaraannya Residen berkata begini : Pangeran, sebetulnya para Menteri dan Punggawa yang ada disini mana banyak jumlahnya dengan di Pamekasan ? Pangeran Pakunataningrat secara terus terang memberitahu sejujurnya dengan menunjukkan buku catatan yang ada.
Residen Madura kemudian merasa keberatan setelah membaca jumlah yang tertera dalam catatan yang disodorkan Pangeran lalu ia berkata : Itu terlalu banyak. Pangeran : Kami mencatat ini sudah sesuai dengan peraturan dari dahulu. Residen : Tampaknya kurang perlu Tuan mengangkat Menteri dan Punggawa terlalu banyak karena semua ini akan merugikan tuan sendiri. Apalagi sekarang Tuan masih berpangkat Pangeran.
Kalau masih bisa dipertimbangkan lebih baik dikurangi. Kapan-kapan kalau Tuan telah menyandang pangkat Panembahan maka Tuan bisa menambah jumlah punggawa lagi. Ini hanya saran kepada Tuan karena kita bersahabat. Bagi kami tidak ada sesuatu yang bisa kami balaskan atas jasa dan kebaikan Tuan pada kami selain hanya ikut memberi pandangan demi kebaikan bersama mengatur negara. (bersambung)
